Songo La Maya es un municipio con predominio de las zonas rurales, lo cual le posibilita poseer una abundante variedad en cuanto a su flora y fauna. Dentro de las variedades que conforman la flora del municipio predominan en la zona árboles maderables de gran valor como: la caoba y el cedro además del algarrobo, la varía, majagua, eucaliptus, pino, piedra hacha y la siguaraya. Estos ejemplares y otras variedades son procesados a través del aserradero, conformando desde el punto de vista económico una vía para el desarrollo del territorio.

La fauna natural la componen diversas aves endémicas aunque muchas de ellas se encuentran en período de extinción debido al uso indiscriminado de la caza por parte de algunos pobladores como el caso del carpintero, gallinas de guinea, codorniz, faisán y tocororo, resaltando este último por ser el Ave Nacional de Cuba.

Se encuentran registrados en la zona alta, colindante con el II Frente Oriental una alta representación con 25 variedades concentradas fundamentalmente en la zona de Jarahueca y Matahambre, la zona del Valle Central con 22 variedades y en la zona montañosa perteneciente a la Sierra Maestra la mayor representación con 30 aves. Existen además y son predominantes los mamíferos, fundamentalmente los pertenecientes al orden rodentía y chiroópteras.

De igual modo hay presencia del ganado vacuno, equino y porcino, aunque en zonas muy específicas se encuentra localizado en el territorio y concentrado en un importante plan genético en el caso del vacuno que es la Granja Vallina en el consejo popular Jarahueca. Ese centro genético experimental es de gran importancia en la provincia por poseer dentro de sus variedades el ganado Santa Gertrudis.